现行台湾专利法的主要法制架构是2013年所制定的，多年来，本法数次修正，但专利审查与救济制度的结构基本保持不变。但是，在台湾智慧财产局颁布修正草案并送交“行政院”、“立法院”审议之际，救济制度将迎来巨变。本草案拟变动76个条文，包括修正40条、增加29条、删除7条，是自2013年以来台湾专利法的最大变革。
智慧财产局将参考美国专利商标局的专利审判与上诉审议会和商标审判与上诉审议会，以及中国大陆、韩国、日本和德国等的对应机构，计划设立新的单位－“复审及争议审议会”。该审议会主要负责审议专利救济案件，即专利申请初审核驳后的复审案和专利争议案之审查。
审议会的职能和组成
专利师
连邦国际专利商标事务所
台北
发明专利申请的初审核驳后的 “再审查”程序将被取消，代之以 “专利复审”程序。专利复审案件类型除了被初审核驳的申请案外，另有专利期间延长申请案、申请案核准后之更正案以及和智慧局的其他程序处分。
在专利复审期间仍然可以提交分割申请。除了原申请的初审审查期间及自核准审定起三个月的期间之外，申请人还可以在可申请核驳复审之期间内、核驳复审决定前或复审核准决定书送达三个月内，提出分割申请。
争议案是审议会的另一半重要职能。审议会将通过争议案的管辖，处理专利举发案和延长发明专利期间举发案。前者指的是撤销一项或几项专利请求项，后者指的是撤销错误地核准延长之发明专利期间。
复审案和争议案将采合议制，每案由三至五名成员组成的小组审议之，其成员将是受指定之专利审查人员或具有法律专长人员。此外，合议组成员有回避原则之适用，例如，当案件进入专利复审阶段后，在初审中审定原案的审查人员将不得再参与该阶段。
此外，在专利复审或争议案件中，可以允许第三方参加程序。对案件决定有法律上利害关系的第三方可以依申请或有必要时被通知参加审议。
复审案和争议案
发明专利申请被核驳后，申请人可以在核驳审定书送达后两个月内提出复审。为提高效率，在进入合议组审查前，若申请人申请核驳复审时合并提出修正者，将会实行“前置审 查”程序，该前置审查与日本、韩国和中国大陆之立法例类似，将由原来的专利审查人员或部门负责，若申请人修正后之专利范围可克服原核驳理由，且无其他不允专利之情事，得逕为核准审定。由于同一专利审查人员最清楚一件申请案先前的答辩过程与内容，若申请人愿意妥协，则可望原案较快地获予核准。
另一方面，专利申请被核驳后，申请人若申请核驳复审但不修正请求项，将按照原则程序进入合议组审议。
至于专利争议案，主要变革是案件程序将采用对审制。在对审制下，不再仅是由举发人向智慧局提出举发，举发程序之组织将法庭化，双方当事人为举发人和专利权人，审议会将持中立裁判者的角色针对双方当事人之声明、理由、证据、答辩等予以审议。
另外，与目前举发案的书面审理原则不同，修正后的举发程序应以公开言词审议为原则。一方当事人无正当理由缺席言词审议的，可能会导致审议会基于一方言词内容逕为决定。必要时，审议会可以制定案件审核计划，其中包含对事实上、法律上、证据上争点以及预订终结审议之期日或期间等。此外，审议人员可以在审议终结前对事实上、法律上、证据上争点适度开释心证。
在举发案中，专利权人可提出更正案（多半是缩小专利权的范围）作为防御方法，举发案审议期间有更正案者，应合并审议及决定。但是，若当事人提出多件更正案时，可能造成审议基础的复杂度增高，因此，必须要先确定更正之权利内容方可作为与举发证据比对之攻防基础。根据草案，审议人员可就更正案内容先作成审议中间决定，并在该中间决定做成至举发案审议决定前，举发人不得提出新理由、新证据或新的证据组合，专利权人亦不得再申请更正，以确定更正后之范围并据以判断系争专利权之有效性。
专利复审与争议诉讼
简并救济层级是本修正草案的主要革新目标之一。对于专利复审案或专利争议案，当事人就行政机关之审议决定不服者，可直接向智慧财产与商业法院提起诉讼，免除智慧局至法院间之“经济部”的诉愿阶段。待修法通过后，在法院的专利救济制度将只有二级二审：第一审由智慧财产与商业法院管辖，第二审则属“最高法院”管辖。
另一个重大变化是关于复审与争议诉讼适用的程序法与管辖权。依据草案，智慧财产与商业法院对专利复审和争议诉讼拥有专属管辖权。该等案件之审理将采用民事诉讼法，而非现行之行政诉讼法。在审理专利复审诉讼案时，智慧局为被告，而在审理争议诉讼案时，举发人之对造当事人（通常是专利权人）作为被告。此外，草案引入强制代理制度，复审与争议诉讼应由律师或专利师等为诉讼代理人。
专利权属纠纷
目前，对于专利权或专利申请权的真正合法归属有争议的，可以藉由智慧局举发程序或向法院提起民事诉讼寻求解决。
然而，法院曾在几个判决先例中对于行政机关在解决专利权或申请权归属时的作用予以批判。虽然作为政府部门中处理智慧财产权相关业务的专业专责机关，智慧局有专业能力对专利的申请、核准、核驳或有效性等事项作出判断。但是，就已核准的专利权或尚未核准的发明专利申请权而言，性质上涉及私人间的私法关系或纠纷，智慧局作为行政机关，不像法院那样具有调查机能或判断权限，智慧局并非解决该等权属纠纷的适当机关。
根据草案，专利权属纠纷日后只能通过法院或通过调解、仲裁或其他民事途逕寻求解决。
此外，法院在审理权属纠纷案件期间，当事人可以声请假处分（用于在保全诉讼后对金钱以外之请求之执行）或定暂时状态假处分（用于在诉讼系属中时确立临时的法律关系）。该等处分可进一步提交给智慧局，智慧局相应之审查、审议及其他程序应暂停三个月，待三个月届满或暂停程序之原因消灭后方可续行程序。
在权属纠纷救济期间，该争执于法院判决确定、调解成立或仲裁程序终结前，名义上的权利人不得抛弃专利权。
日落条款
待新专利法生效后，未审定和已审定的专利再审查案、经审定之更正案、 发明专利权期间延长申请案、举发案、延长发明专利权期间举发案、以及经处分之新型不予专利处分案、其他不服程序之申请案等，仍适用旧法。经诉愿或行政诉讼撤销发回于智慧局之专利行政争讼案，亦适用旧法。除上述案件外的未审定案件，适用新法。
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