在日本，获得商标权需要向日本特许厅（即专利局）提交申请。2020年，共有135,313 件商标获准注册，完成注册所需的平均时间为11个月左右（2020财年）。日本实行先申请制，是《马德里议定书》成员，该协定建立了只需一次申请即可在很多国家获得商标保护的国际体系。
商标权是工业产权的一个类型。举例而言，它将依附于商品和服务之上的“标志”和“命名”作为所有人的财产予以保护。商标可包括文字、图形、符号、三维形状，以及上述两种或两种以上的组合。此外，自2015年4月起，声音标志、动态标志、全息图标志、颜色标志、位置标志也可注册为商标。
另一方面，根据日本《商标法》，不得注册味觉商标、香味商标、触觉商标。
要求；驳回注册
注册申请提交后，日本特许厅将完成形式审查和实质审查。商标不得存在驳回注册的下列任何情形，方可核准注册：
- 用于申请人商品或服务的商标，无法与他人的商标相区分。例如：惯常用于商标的商品或服务的通用名称；仅标示商品产地或质量的商标；法人名称的常用姓氏；非常简单且常见的标志；消费者无法据以辨别商品或服务的商标，如与商业或特定人有关的商标。不过，第3(2)条规定了例外。
- 违背公共利益的商标。例如：与非营利组织等（如红十字会）所用的标识相同或近似的商标；可能危害公序良俗的商标，如淫秽或骇人的文字；可能会让人对商品或服务质量产生误解的商标。
- 从私人利益角度，不可注册的商标。例如：包含他人肖像或姓名的商标；与他人知名商标相同或近似的商标；与他人在先申请而注册的商标相同或近似的商标；与他人的注册防御商标相同或近似的商标；可能造成混淆商品或服务产地或质量的商标；将他人著名商标用于不正当目的的商标。
期限
商标权期限自注册日起满十年之日届满，但可最迟于到期日提交续展申请并缴纳正常费用后续展，续展不限次数；到期日后的六个月内提交续展申请的，需缴纳额外费用。目前，只有在迟延申请有正当理由的情况下，权利人方可在晚于到期日满六个月后提交续展申请。但是，最近对《商标法》的修订放松了以上要求。一旦该修订生效，只需证明未在规定期间内申请续展并非故意即可。
权利；限制
商标权的基本效力为，任何人使用的标志如果与某商品或服务的注册商标相同或近似，而该商品或服务又与该人业务中指定使用上述标志的商品或服务相同或类似，该人即侵犯了商标权。
不过，为了实现平衡以便经济活动的顺利进行，日本对商标权的执行实施了一些限制。《商标法》第26条规定，商标权对下列商标没有效力：
- 以常用方式，标示某人姓名或知名笔名等的商标；
- 以常用方式，标明商品或服务的常用名、提供地点或某些品质的商标；
- 惯常用于指定商品或服务的商标；
- 仅由某商品不可分割的特性或特征（由内阁令指定）组成的商标；以及
- 满足下列条件的商标：使用方式使得消费者无法通过商标辨别与特定人业务有关的商品或服务。
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为证明第三方侵权，必须证明第三方将标志用于其业务之中。因此，如果某人出于私人目的进口如带有与注册商标相同或近似的标志的仿制产品，则商标权人无法对该人执行权利。
此外，众所周知，很难通过行使商标权来防止海外商业实体直接向位于日本的个人消费者销售仿制产品，尤其是因为对谁是进口者（即标志使用者）的解释问题。跨境电子商务增长产生的局面，使得无法再忽视这个问题。
为解决这一问题，2021年5月颁布的《商标法》修订案加入了新的第2(7)条，规定“进口行为包括，位于外国之人促成他人从外国将产品带入日本的行为。”
如果仿制产品带有与海外实体直接向位于日本的个人消费者销售的商品注册商标相同或近似的标志，该修订案使得海关官员能没收仿制产品。该修订案定于颁布之日起的18个月内生效。
因不使用而撤销
根据第50(1)条，如果某商标未使用达三年或以上时间，第三方可向日本特许厅申请撤销对该商标的注册。商标权人承担举证责任，证明权利人或被许可人实际上使用了商标。此外，如果商标只是在撤销申请提交之前的三个月内使用过，而且申请人证明商标只是在相关人士获悉将提交申请后才使用，则商标权人不可以此为由请求驳回撤销申请。
针对侵权的救济
商标权人可申请针对侵权人的禁制令，并请求损害赔偿。《商标法》第38条规定了对损害金额的推定，以帮助降低商标权人证明侵权造成的实际损害金额的难度。
该推定规定了三种类型的损害赔偿：(1) 若无侵权，商标权人原本应获得的利润金额；(2) 侵权人通过侵权行为获取的利润金额；(3) 若商标得到了许可，要求侵权人支付的所谓“合理使用费”（详情请参见第38(1) 至(3)条）。
上述推定的近期修订于2021年4月生效。修订提高了商标权人因他人侵权而可获得的推定金额。就上述第(1)类而言，修订前，计算中使用的相关产品数量以商标权人的销售及制造能力为限。但是，近期修订使得商标权人能按高于上述能力的数量寻求“合理使用费”损害赔偿。
此外，就上述第(3)类而言，近期修订允许法院在商标权已遭侵犯的前提下，考虑受害人可获得的赔偿。换言之，法院裁决的使用费率，可高于侵权确定前各方原本约定的使用费率。
许可类型
商标许可类型主要分为独占许可（senyo shiyoken）和非独占许可（tsujo shiyoken）。作为合同安排，非独占许可又主要分为垄断非独占许可（dokusenteki tsujo shiyoken）和非垄断非独占许可（hi dokusenteki tsujo shiyoken）
独占许可需登记方可生效。一旦独占许可得以确立，连商标权人也不得在权利独占授予范围内使用商标。此外，独占许可的被许可人有权在许可协议范围内，以自己的名义就第三方侵权寻求禁制令和损害赔偿。
非独占许可无需登记即可成立。不过，最好能注意到，与专利权、设计权、著作权许可不同，如果商标权人向第三方转让商标权，商标权非独占许可必须登记方可对抗该第三方。
非垄断非独占许可被许可人无权以自己的名义寻求禁制令或损害赔偿。垄断非独占许可被许可人被视为有权以自己的名义寻求损害赔偿，但其是否有权寻求禁制令以及其寻求禁制令有何要求，却并非明确。
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