在香港税务局于2012年6月举办的税务研讨会上，国家税务总局宣布将颁布补充规定，明确国税函[2009]698号文规定的间接股权转让税收规则。
据国家税务总局官员发表的演讲介绍，补充规定将涉及三个重要问题。
第一，补充规定将为集团内部重组提供避风港。698号文自颁布以来受到的主要批评在于它所覆盖的范围过于宽泛。许多合法并具有合理商业目的的集团内部重组都在该文件的适用范围内。根据补充规定，某些集团内部重组只需要提交重组前后的组织结构图以及有关重组合理商业目的的简要说明即可。该简化的资料报送要求适用于以下内部重组：（1）境外股权转让方与受让方拥有超过50%的共同股权关系；并且（2）在重组之后，境外控股方持有的中国居民企业的股权比例没有发生改变。
第二，补充规定将要求中国税务机关在合理期限内（约两个月），对根据698号文申报的间接股权转让是否需要纳税作出正式裁定。此前，税务机关仅在确定一笔间接转让交易应当纳税时，才需要作出正式裁定。如果税务机关认为某笔间接转让交易不需要纳税，则不需要发出正式裁定。不过，税务机关并不受其作出的正式裁定约束，它可以在未来十年内（避税案件时效）随时改变主意，并认定间接转让交易为应税事项重新进行课税。由于无法信赖这些初步、非正式的裁定，跨境并购交易中出现了极大的不确定性和不便。新的补充规定将废除非正式裁定并要求作出正式裁定，有助于恢复并购交易的确定性。
第三，补充规定为如何确定一系列交易的课税基础提供了指南。根据新规定，在确定后续交易的课税基础时将承认间接股权转让之前已缴纳的税款，避免双重征税。
国家税务总局在研讨会上宣布的这一消息缓解了跨国公司对698号文的种种担忧，因此十分受到欢迎。不过，有消息称税务总局中还存在着一些内部争论，因此补充规定的公布将会推迟。
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