就知识产权相关的民事诉讼程序，《最高人民法院关于知识产权民事诉讼证据的若干规 定》第二条明确指出，当事人对自己提出的主张，应当提供证据加以证明。
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特别地，在软件著作权侵权案件中，为支持其侵权主张，原告应当举证证明以下两个关键 点:第一，原告系案涉侵权软件的合法权利人; 第二，被告使用的软件与原告软件实质性相 似。第一点往往能够较为直接地予以证明。除非存在相反证据，软件著作权登记证书载明的 著作权人通常将被法院认定为权利人。对于第二点，在中国司法实践中，法院通常会采用软 件对比的方式对软件相似性进行认定。然而，由于侵权方对其侵权软件的隐蔽和掌控，软件著作权人在举证证明实质相似时困难重重。
为解决上述问题，北京市高级人民法院于 2018年4月20日发布《侵害著作权案件审理指 南》，该指南为软件著作权侵权案件作出了一系列特别规定。相关规定可总结如下:
(1) 就“实质性相似”的认定，法院应当将原告主张权利的计算机软件源程序与被诉侵权 的计算机软件源程序进行对比;
(2) 在案证据能够证明原告主张权利的计算机软件源程序、文档等文件与被诉侵权的计 算机软件相同或者相近似的，可以认定二者构成实质性相似;
(3) 被告拒不提供被诉侵权的计算机软件源程序，原告能够举证证明二者目标程序相同 或者相近似的，可以认定原、被告的软件构成实质性相似;
(4) 二者目标程序虽不相同或者相近似，但被诉侵权的计算机软件目标程序中存在原告 主张权利的计算机软件特有内容，或者在软件结果 (包括软件界面、运行参数、数据库结构等) 方面相同或者实质性相似，可以认定原、被告的软件构成实质性相似。
综上，尽管源程序或目标程序的比对是认定侵权的主要手段，但认定侵权并非别无他法。在无法取得源程序或目标程序时，法院可行使其自由裁量权综合审查案件其他因素。
最高人民法院于2015年4月15日发布的第49号指导案例，就采取了该种较为灵活的审查 路径。石鸿林诉泰州华仁电子资讯有限公司侵害计算机软件著作权纠纷案中，原告诉称，被告未经许可，大量复制、发行、销售与原告计算机软件相同的软件。而被告则主张相关软件系由其自主开发。
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一审中，原告未能提供被诉侵权软件的源程序以供对比。鉴于原告未能充分举证证明侵权事实，一审法院驳回了原告的诉讼请求。二审中，法院认为，第一，被诉侵权软件的源程序和目标程序均在被告的掌握之中，由于存在客观困难，原告难以提供源程序和目标程序用于直接比对;第二，按照软件设计行业的一般原理，在独立完成设计的情况下，不同软件之间出现相同的软件缺陷几率极小，故而共同的软件缺陷意味着则软件源程序相同的概率较大。鉴此，法院认为可由该思路出发，通过对原告软件与被控侵权软件是否具 有相同的软件缺陷及运行特征进行综合判断，审查原告现有证据是否已形成高度盖然性优 势。经鉴定，原、被告软件存在相同的缺陷。二审法院还发现，双方软件的使用说明书中对控 制器功能的描述、技术指标以及两者的段落编排方式基本相同。
综合考量上述因素，二审法院认为原告的现有证据能够形成高度盖然性优势，足以使法院相信二者软件构成实质相同。故此，法院撤销了一审判决，支持了原告的诉讼请求。
有趣的是，本案中，法院采纳的高度盖然性证明标准，与普通法系中的优势证据标准 (preponderance of the evidence) 较为类似。优势证据标准要求负有举证责任的一方 能够相较另一方提供更具证明力的证据，以证明 其所主张的待证事实存在的可能性大于其不存在的可能性。当前，各类软件著作权侵权案件愈发复杂、知识产权司法保护也在逐渐加强，适用合理的证明标准，适当减轻软件著作权人的举证责任势在必行。国务院办公厅印发的《关于强化知识产权保护的意见》亦确认了上述观点。为扫除著作权人保护自身合法权利时所面临的困境，可以预见并足可期待的是， 法院在处理软件著作权侵权纠纷中的证据审查和事实认定时，将会逐步摈弃原有的僵硬标准，而更倾向于采纳更为全面、灵活的证据标准。
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