国家税务总局发布《特别纳税调整内部工作规程（试行）》（国税发[2012]13号）和《特别纳税调整重大案件会审工作规程（试行）》（国税发[2012]16号），为全国税务机关进行各类特别纳税调整工作提供指导，包括《企业所得税法》第六章规定的转让定价、预约定价安排、成本分摊协议、受控外国企业、资本弱化以及一般反避税等特别纳税调整工作。两部工作指南已于3月1日起开始实施。
这两份文件是税务机关的内部工作指南，全文并没有正式向公众发布。
值得注意的是，13号通知要求所有的特别纳税调整案件必须上报国家税务总局，由国家税务总局批准立案及审核最终纳税调整。这一报告过程有利于统一全国的特别纳税调整案件的税务处理。
13号通知还要求各级税务机关鼓励纳税人进行自行调整，但并没有限制各级税务机关对已进行自行调整的纳税人作进一步特别纳税调整的权力。
转让定价调整及其他特别纳税调整是企业所得税制度下的概念。但是，一项逃避了企业所得税的交易或架构也有可能逃避其他税费，如营业税、增值税和土地增值税。根据13号通知，如果企业所得税税务部门在调查特别纳税调整案件时发现纳税人存在违反其他纳税义务的，应当通知其他相关税务部门。其他相关税务部门发现需对纳税人进行特别纳税调整的，应及时通知企业所得税税务部门。
作为13号通知的具体实施规则，16号通知规定：就有关转让定价的“重大”特别税务调整，在向纳税人送达特别纳税调查初步调整通知书之前，该调整必须经过国家税务总局指定的专家进行会审。特别纳税调整重大案件是指涉及企业注册资本在人民币1亿元（1570万美元）以上，且年均主营业务收入在人民币10亿元以上的案件，或者涉及全国行业联查或集团联查的案件，以及税务总局确定的其他案件。国家税务总局负责管理会审人员库，并且指定会审人员对每个重大案件进行会审。
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