为了保证 2008 年 12 月 27 日公布的 《全国人民代表大会常务委员会关于修改〈中华人民共和国专利法〉的决定》 的贯彻实施，最高人民法院和国家知识产权局相继于 2009 年 9 月 27 日和 2009 年 9 月 29 日发布了三份文件，对修改前后专利法实施的衔接问题、以及按照修订后的专利法申请专利涉及到的相关具体事宜做出了明确规定。
最高人民法院《关于学习贯彻修改后的专利法的通知》(法发〔2009〕49号)
上述《通知》第二条对 “侵犯专利权纠纷案件” 的法律适用衔接问题做出了明确规定: “人民法院审理侵犯专利权纠纷案件，对于 2009 年 10 月 1 日以前的被诉侵犯专利权行为，适用修改前的专利法;对于 2009 年 10 月 1 日以后的被诉侵犯专利权行为，适用修改后的专利法;对于发生在 2009 年 10 月 1 日以前且持续到 2009 年 10 月 1 日以后的被诉侵犯专利权行为，依据修改前和修改后的专利法，侵权人均应承担赔偿责任的，且 以修改后的专利法确定赔偿数额。”
《通知》第三条对于申请法院禁令和证据保全时的法律衔接适用问题，做出了对专利权人有利的规定: “被诉侵犯专利权行为发生在 2009 年 10 月 1 日以前，当事人在 2009 年10 月 1 日以后向人民法院申请采取责令停止有关行为的措施、申请保全证据的，适用修改后的专利法。”
国家知识产权局《施行修改后的 专利法的过渡办法》
国家知识产权局在《办法》中，就修改后的《专利法》生效实施后，专利申请、专利权的授予、强制许可、涉嫌侵犯专利权和假冒专利的行为的查处等事项的法律适用问题做出了明确规定。其中几项主要规定包括:
(1) 专利申请及其专利权的授予以 “申请日” 为基准确定法律适用。《办法》另有特殊规定的除外。例如: 修改后的专利法的规定适用于申请日在 2009 年 10 月 1 日以后 (含该日，下同)的专利申请以及根据该专利申请授予的专利权。(见《办法》第二条)
(2) 专利强制许可申请在 2009 年 10 月 1 日以后提出的，适用修改后的专利法。 (见《办法》第三条)
(3) 对 “涉嫌侵犯专利权行为进行处理” 以及对 “涉嫌假冒专利行为进行查处” 时，以该涉嫌违法行为的 “发生时间” 为标准，行为发生在 2009 年 10 月 1 日以后的，适用修改后的专利法。 (见《办法》第四条、第五条)
(4) 外国当事人在 2009 年 10 月 1 日以后委托或者变更专利代理机构的，按照修改后的专利法，可以委托任何一家依法设立的专利代理机构，无需再受 “应当委托国家知识产权局指定的专利代理机构” 的限制。 (见《办法》第七条)
国家知识产权局专利局《关于施行修改后专利法有关事项的通知》
此《通知》对 2009 年 10月 1 日以后 (含该日) 提交专利申请或办理其他专利事务涉及的有关事项做出了明确规定，特别是就修改后的专利法确立的一些新制度所对应的专利申请文件做出了规定和说明。主要包括:
《通知》第一条: “同一申请人同日对同样的发明创造既申请实用新型专利又申请发明专利的，应当在申请时分别填写国家知识产权局制定的《同日申请发明专利和实用新型专利的声明》。” (参见:修订后的《专利法》第一条第一款)
《通知》第二条: “任何单位或者个人将在中国完成的发明或者实用新型向外国申请专利的，应当事先请求国家知识产权局进行保密审查，填写国家知识产权局制定的《向外国申请专利保密审查请求书》。” (参见:修订后的《专利法》第二十条第一款)
《通知》第三条: “申请人就依赖遗传资源完成的发明创造申请专利的，应当填写国家知识产权局制定的《遗传资源来源披露登记表》，说明该遗传资源的直接来源和原始来源，无法说明原始来源的，应当陈述理由。” (参见修订后的《专利法》第二十六条第五款)
如欲了解更多关于专利法修订后的细节及其分析，请参见《实务要点》。
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